南科大醫學院與自己的附屬醫院似連體雙胞胎,密不可分,是共生、同長的一體。附屬醫院參與醫學教學的橋梁課程教學,也是醫學生重要的實踐基地,承擔著臨床見習、實習、規范化培訓的重要任務,也是轉化醫學研究的重要載體。醫院是醫學院發揮功能和實現使命的必備基地,醫學院又是醫院學術、科研和現代醫學教育和和臨床培訓的合作和推動者,也是臨床醫療人才的最初啟導和孵化者。醫學院和醫院的密切結合更是現代醫學中醫生科學家"兩線作戰"所必需的條件,二者將以共建共榮為理念,合力構建具有南科大特色的醫教研協同發展模式,打造南科大醫學高地。
醫學院已基本完成了辦學模式、學科專業、學位、教學體系和課程的設置,正在校本部配套籌建一所高水平、國際化、智能化和人文化的附屬綜合性醫院。還在深圳市委的領導下,深圳市人民醫院、深圳市第三人民醫院、南山區西麗醫院分別正式成為南方科技大學的各三大附屬醫院。另外還有7所合作共建及教學醫院,實現了深圳市本土醫教資源的強強聯合,為南科大快速建設高水平醫學院提供了強有力的支撐和保障。